徐州市云龙区人民检察院成立于1951年1月，机关驻地在彭城路416号。初建时期共有工作人员5名，后由于“反右”运动冲击，1959年检察人员减少到2人。1966年至1978年受“文革”冲击，检察机关的职权先后分别由军管会和公安机关行使。1978年3月，五届全国人大一次全会通过的《中华人民共和国宪法》规定，恢复设置检察机关。1979年6月，云龙区人民检察院恢复重建，并正式挂牌对外办公，驻地在彭城路中山旅社二楼办公。2001年3月迁址于现驻地徐州市三环东路68号。

2017年12月之前，内设机构17个：办公室、政治处、研究室、监察室、侦查监督科、公诉科、未成年人犯罪检察科、反贪污贿赂局、反渎职侵权局、控告申诉检察科、民事行政检察科、监所检察科、职务犯罪预防局、行政装备科、检察信息技术科、法警大队、案件监督管理科。另设派驻黄山、翠屏山、大龙湖街道办事处三个检务工作室。

2017年12月，监察体制改革之后，反贪污贿赂局、反渎职侵权局、职务犯罪预防局及其职能并入云龙区监察委员会。

2018年3月，检察机关内设机构改革试点开始，经省院批准，该院内设机构改设为刑事检察一部、刑事检察二部、刑事执行检察部、民事行政和控告申诉检察部、检察综合业务部、检察政治工作部、检察综合管理部七个部门。

目前，该院干警人员编制71，在职在岗56人，党组成员6人，专委1人，中层干部18人，法律本科以上50人，法律硕士13人，员额检察官24人，书记员9人，司法警察4人，检察业务人员占比为78.26%。

在各级领导的关心支持下，院党组带领全院干警始终坚持“建一流班子，带一流队伍，创一流业绩，树一流形象”的总体工作思路，紧抓办案服务中心工作，预防职务犯罪工作被中共徐州市委肯定为“云龙模式”，积极探索未成年人犯罪案件一体化办理机制并形成“云龙特色”，建立健全多项公诉工作机制炼成了“全国优秀公诉团队”。

近年来该院先后获得江苏省文明单位、江苏省优秀青少年维权岗、江苏省巾帼示范岗、徐州市政法标兵单位、先进基层党总支等荣誉，荣立江苏省检察机关集体一等功，2007年、2011、2014年三次荣获“全国先进基层检察院”称号，2008、2011年两次被命名为全国文明接待室，2013年该院被表彰为首批“全省公正司法示范点”、公诉科被授予江苏省“最美青年检察官”称号。截至目前，已连续十余年被评为江苏省先进基层检察院、连续三届被评为江苏省检察机关先进集体。